Notebooks

Notebook

Bio-OS的交互式分析环境集成了Jupyter Notebook. Jupyter Notebook是一种可分享，可复制的交互式分析环境。

Jupyter Notebook是一个开源分析环境，您可以在其中通过交互式分析和可视化效果实时了解研究数据。您可以导入数据——包括存储在云中的已处理基因组学、表型和转录组学数据——并使用 R 或 Python 中的自定义或预建库进行分析。

Jupyter Notebooks 环境可供新手使用，并具有可移植性和可重复性。Notebooks以易于理解和分享的形式将分析方法和发现结合在一个地方。作为传统科学论文的逻辑演变，Jupyter Notebook极大地缩短了阅读分析完成方式和实际重现分析之间的路径。很难夸大这个概念的强大程度以及Notebooks对计算科学中发现的可重用性和可重复性的影响。

切换运行配置

Notebook支持切换Notebooks的运行资源，可以切换应用配置以及资源配置。应用配置主要是选择启动的默认镜像，资源配置则可以选择资源规格。

1. 点击【运行资源配置】

2. 选择应用配置和资源配置

3. 点击更新环境（如果当前Notebook实例已经启动，点击更新环境将会删除实例并重新启动）

应用配置

当前提供一个预设的镜像：datascience，Datascience镜像为平台提供的最基础镜像，包含一些数据科学的常用工具。

资源配置

资源配置默认提供两挡资源类型，分别为最小资源（1核CPU 1G内存）、默认资源（2核CPU 4G内存）。您也可以按照需求修改配置文件从而设置资源配置，启动Notebook会在集群中申请对应的资源用量进行启动。

创建新的Notebook

1. 点击新建Notebook，并输入名称和选择语言。目前支持的语言有Python和R语言。

1. 点击右侧编辑按钮可以对notebook进行编辑。

3. 在 notebook 中运行代码单元的方法有以下三种：

   1. 选择单元格并按键盘上的Shift +Enter（您的键盘可能会显示“return”而不是“enter”）。

   2. 单击菜单栏中的运行图标。

   3. 使用Cell 下拉菜单中的适当命令。

单元格是Notebook的组成部分。每个单元格都有一个“类型”（Code/Markdown/Raw NBConvert/Heading），它决定了应用程序计算将如何解释单元格中的指令。